MetAlign
Home / Publicaties

Publicaties

Een selectie van wetenschappelijke publicaties die direct betrekking hebben op de ontwikkeling en toepassing van MetAlign.

Referentieartikelen

De onderstaande publicaties beschrijven de kernalgoritmen en belangrijkste ontwikkelingen van de MetAlign-software. Bij gebruik van MetAlign in wetenschappelijk onderzoek wordt gevraagd om naar deze artikelen te verwijzen.

  • 2012
    MetAlign 3.0: performance enhancement by efficient use of advances in computer hardware
    A. Lommen, H.J. Kools
    Metabolomics, 8(4), 719-726
    DOI: 10.1007/s11306-011-0369-1 →
  • 2011
    Ultra-fast searching assists in evaluating sub-ppm mass accuracy enhancement in U-HPLC/Orbitrap MS data
    A. Lommen, A. Gerssen, J.E. Oosterink, H.J. Kools, A. Ruiz-Aracama, R.J.B. Peters, H.G.J. Mol
    Metabolomics, 7(1), 15-24
    DOI: 10.1007/s11306-010-0230-y →
  • 2009
    MetAlign: Interface-Driven, Versatile Metabolomics Tool for Hyphenated Full-Scan Mass Spectrometry Data Preprocessing
    A. Lommen
    Analytical Chemistry, 81(8), 3079-3086
    DOI: 10.1021/ac900036d →

Toepassingsstudies

MetAlign is in een breed scala aan wetenschappelijke studies ingezet. Hieronder een selectie van publicaties die de software in diverse onderzoeksdomeinen hebben toegepast.

  • 2021
    Ultra-fast retroactive processing by MetAlign of liquid chromatography/high-resolution full-scan Orbitrap mass spectrometry data in WADA Human Urine Sample Monitoring Program
    S. Khelifi, A. Lommen, A. Elaradi, A. Vonaparti, M. Blokland, M.W. Nielen e.a.
    Rapid Communications in Mass Spectrometry, 35(17)
    DOI: 10.1002/rcm.9141 →
  • 2019
    Ultra-fast retroactive processing of liquid chromatography high-resolution full-scan Orbitrap mass spectrometry data in anti-doping screening of human urine
    A. Lommen, A. Elaradi, A. Vonaparti, M. Blokland, M.W. Nielen e.a.
    Rapid Communications in Mass Spectrometry, 33(21), 1655-1662
    DOI: 10.1002/rcm.8507 →
  • 2014
    Comparative evaluation of eight software programs for alignment of gas chromatography-mass spectrometry chromatograms in metabolomics experiments
    W. Niu, E. Knight, Q. Xia, B.E. McGarvey
    Journal of Chromatography A, 1374, 199-206
    DOI: 10.1016/j.chroma.2014.11.005 →
  • 2011
    An integrated multi-technique metabolomics approach to studying metabolites of HepG2 cells exposed to 2,3,7,8-tetrachlorodibenzo-p-dioxin
    A. Ruiz-Aracama, A. Peijnenburg, J. Kleinjans, D. Jennen, J. van Delft, C. Hellfrisch, A. Lommen
    BMC Genomics, 12, 251
    DOI: 10.1186/1471-2164-12-251 →
  • 2007
    Untargeted large-scale plant metabolomics using liquid chromatography coupled to mass spectrometry
    C.H.R. de Vos, S. Moco, A. Lommen, J.J.B. Keurentjes, R.J. Bino, R.D. Hall
    Nature Protocols, 2(4), 778-791
    DOI: 10.1038/nprot.2007.95 →
  • 2005
    A Novel Approach for Nontargeted Data Analysis for Metabolomics: Large-Scale Profiling of Tomato Fruit Volatiles
    Y. Tikunov, A. Lommen, C.H.R. de Vos, H.A. Verhoeven, R.J. Bino, R.D. Hall, A.G. Bovy
    Plant Physiology, 139(3), 1125-1137
    DOI: 10.1104/pp.105.068130 →
  • 2003
    Monolithic Silica-Based Capillary Reversed-Phase Liquid Chromatography/Electrospray Mass Spectrometry for Plant Metabolomics
    V.V. Tolstikov, A. Lommen, K. Nakanishi, N. Tanaka, O. Fiehn
    Analytical Chemistry, 75(23), 6737-6740
    DOI: 10.1021/ac034716z →

Bovenstaande lijst is een selectie. MetAlign is in meer dan honderd wetenschappelijke publicaties aangehaald. Voor een volledig overzicht kan worden gezocht op Google Scholar of PubMed. De software is vrij beschikbaar als open-source pakket.