Massaspectrometriedata verwerken en vergelijken
MetAlign is een krachtige softwaretool voor het geautomatiseerd voorbewerken, uitlijnen en vergelijken van LC-MS en GC-MS datasets. De software wordt ingezet bij metabolomics onderzoek, voedselveiligheid en anti-doping analyses wereldwijd.
Kernfunctionaliteiten
Van ruwe meetgegevens tot gestructureerde datamatrices, MetAlign automatiseert het volledige verwerkingsproces.
Automatische basislijncorrectie
MetAlign voert automatische basislijncorrectie uit op alle geselecteerde databestanden, waardoor ruis wordt geminimaliseerd en signalen nauwkeuriger worden geïnterpreteerd.
Piekdetectie en filtering
De software identificeert relevante pieken en filtert artefacten automatisch, inclusief saturatiecorrectie en massa-piek artefactdetectie voor betrouwbare resultaten.
Uitlijning tot 1000 datasets
Het uitlijningsalgoritme kan tot 1000 massaspectrometriedatasets tegelijkertijd verwerken en vergelijken, met een datareductie van 100 tot 1000 keer.
Formaatconversie
Automatische conversie van diverse leveranciersformaten naar het universele netCDF-formaat maakt data-uitwisseling tussen verschillende instrumentplatforms eenvoudig.
Multi-threaded verwerking
Versie 3.0 ondersteunt meerdere processorcores, waardoor de verwerkingssnelheid tot 19 keer hoger ligt dan bij eerdere versies. Moderne hardware wordt optimaal benut.
Nauwkeurige massaberekening
Sub-ppm massa-nauwkeurigheid wordt bereikt door geavanceerde kalibratie en correctiealgoritmen, essentieel voor betrouwbare metabolietidentificatie.
Breed inzetbaar voor verschillende platforms
MetAlign ondersteunt data afkomstig van diverse massaspectrometrie-instrumenten. Zowel nominale als accurate massa LC-MS en GC-MS data worden verwerkt, ongeacht de leverancier van het instrument.
- Ondersteuning voor LC-MS en GC-MS data
- Compatibel met Thermo Xcalibur, Waters MassLynx en Bruker formaten
- Automatische conversie naar netCDF
- Uitvoer geschikt voor multivariate statistiek
- Windows-besturingssystemen (W7, W10, W11)
Open source beschikbaar
Sinds november 2022 is MetAlign beschikbaar als open-source software, zodat de wetenschappelijke gemeenschap de software vrij kan gebruiken en aanpassen.
Laatste nieuws
Artikelen over massaspectrometrie, metabolomics en dataverwerking.
Retroactieve screening: hoe oude data nieuwe inzichten oplevert
Een van de krachtigste voordelen van hoge-resolutie massaspectrometrie is de mogelijkheid tot retroactieve analyse. In tegenstelling tot gerichte methoden, waarbij alleen vooraf geselecteerde verbindingen worden gemeten, leggen full-scan hoge-resolutie instrumenten het volledige massaspectrum vast. Dit betekent dat de opgeslagen databestanden achteraf opnieuw kunnen worden doorzocht op verbindingen die ten tijde van de oorspronkelijke meting nog niet als relevant werden beschouwd.
Lees verder →Multi-threading en moderne hardware bij data-intensieve analyses
De hoeveelheid data die moderne wetenschappelijke instrumenten genereren, groeit sneller dan de kloksnelheid van individuele processorcores. Waar in de jaren negentig een enkele meting een beheersbare dataset opleverde, produceren huidige hoge-resolutie massaspectrometers gigabytes aan data per experiment. Deze groei maakt het noodzakelijk om verwerkingssoftware aan te passen aan de architectuur van hedendaagse computerhardware.
Lees verder →Vergelijkende analyses met GC-MS: toepassingen in de plantenwetenschappen
Gaschromatografie gekoppeld aan massaspectrometrie (GC-MS) is al decennia een van de meest gebruikte analytische technieken in de plantenwetenschappen. De methode is bijzonder geschikt voor het meten van vluchtige en semi-vluchtige verbindingen, wat het een onmisbaar instrument maakt voor onderzoek naar plantaroma's, afweerstoffen en secundaire metabolieten.
Lees verder →Open data en open-source software in de wetenschappelijke praktijk
De wetenschappelijke gemeenschap beweegt zich steeds nadrukkelijker richting openheid en transparantie. Organisaties zoals de Nederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek (NWO) stimuleren onderzoekers om hun data, methoden en software vrij beschikbaar te stellen. Deze ontwikkeling heeft directe gevolgen voor de manier waarop wetenschappelijke software wordt ontwikkeld, gedeeld en onderhouden.
Lees verder →Basislijncorrectie bij massaspectrometriedata: waarom het verschil maakt
Bij het verwerken van massaspectrometriedata is basislijncorrectie vaak de eerste en meest tijdrovende stap. Toch wordt het belang van deze stap regelmatig onderschat. Een onnauwkeurige basislijncorrectie kan de resultaten van een complete analyse vertekenen, met gevolgen voor piekidentificatie, kwantificering en uiteindelijk de wetenschappelijke conclusies die op basis van de data worden getrokken.
Lees verder →De rol van metabolomics in voedselkwaliteitsonderzoek
Binnen de voedselwetenschappen speelt metabolomics een steeds grotere rol bij het waarborgen van kwaliteit en veiligheid. Wageningen Food Safety Research is een van de onderzoeksinstellingen die metabolomics intensief inzet om voedselproducten te analyseren op samenstelling, herkomst en mogelijke verontreinigingen.
Lees verder →