Installatie
De installatie van MetAlign verloopt via het meegeleverde installatieprogramma. Hieronder worden de stappen beschreven die nodig zijn om de software correct te installeren op een Windows-systeem.
Stap 1: Bestanden uitpakken
Na het downloaden van het ZIP-archief vanaf de softwarepagina dient het bestand te worden uitgepakt naar een locatie op de lokale schijf. Het wordt aangeraden om een map te kiezen met voldoende schijfruimte, aangezien MetAlign tijdelijke bestanden aanmaakt tijdens het verwerkingsproces.
Stap 2: Installatie uitvoeren
In de uitgepakte map bevindt zich het bestand setup.exe. Dit bestand dient als administrator te worden uitgevoerd. Klik met de rechtermuisknop op het bestand en selecteer "Als administrator uitvoeren" om het installatieproces te starten.
Vanaf versie 041012 zijn beheerdersrechten alleen nodig bij de eerste keer uitvoeren van het programma (ms.exe). Na de eerste succesvolle start kunnen volgende sessies zonder verhoogde rechten worden uitgevoerd.
Stap 3: Eerste start
Na installatie dient ms.exe de eerste keer als administrator te worden gestart. De documentatiemap binnen het installatiepakket bevat gedetailleerde instructies voor deze stap. Na de eerste succesvolle start is het programma gereed voor normaal gebruik.
Programmastructuur
De MetAlign-interface is opgedeeld in drie onderdelen die elk een specifiek deel van het verwerkingsproces behandelen.
Deel A: Configuratie en basislijncorrectie
Het eerste onderdeel behandelt de programmaconfiguratie, dataselectie, piekextractie en basislijncorrectie. Hier worden de invoerbestanden geselecteerd en de parameters ingesteld die bepalen hoe de ruwe data wordt voorbewerkt. De basislijncorrectie is doorgaans het meest tijdrovende onderdeel van het verwerkingsproces.
Deel B: Uitlijning
Na de basislijncorrectie voert Deel B de daadwerkelijke uitlijning uit van de geëxtraheerde massapieken over alle geselecteerde samples. Het resultaat is een datamatrix met piekintensiteiten per sample, die vervolgens kan worden gebruikt voor statistische analyse.
Deel C: Vergelijking (optioneel)
Het derde onderdeel biedt de mogelijkheid om chromatografische pieken te identificeren en visualiseren die statistisch verschillend zijn tussen twee groepen samples. Dit deel is optioneel en wordt niet bij elke analyse ingezet.
Aanbevolen werkwijze
Parameterinstellingen
Voor de meeste LC-MS analyses met een looptijd van 30 minuten voldoen de standaardinstellingen. Bij langere looptijden (60 minuten) worden aangepaste parameterwaarden aanbevolen. De meegeleverde handleiding bevat specifieke parameteraanbevelingen per type analyse.
Retentietijdverschuivingen controleren
Na de basislijncorrectie van de volledige reeks is het aan te raden om de retentietijdverschuivingen te inspecteren. Dit kan door de gecorrigeerde databestanden van het referentiesample en de eerste en laatste samples van de dataset te vergelijken. De maximale verschuiving in de uitlijningsparameters dient minstens tweemaal groter te zijn dan de visueel waargenomen verschuivingen.
Opslag en prestaties
Het gebruik van een SSD in plaats van een conventionele harde schijf kan de verwerkingstijd aanzienlijk verkorten, met name bij grote datasets. Voor optimale prestaties wordt aangeraden om de invoerdata op te slaan op de snelst beschikbare opslagschijf.
Veelgestelde vragen
Welke dataformaten worden ondersteund?
MetAlign ondersteunt data in netCDF-formaat, Thermo Xcalibur (.raw) en Waters MassLynx-formaten. De software kan automatisch conversies uitvoeren tussen deze formaten. Zowel nominale als accurate massa-data van LC-MS en GC-MS instrumenten worden verwerkt.
Hoeveel samples kunnen tegelijkertijd worden verwerkt?
Het uitlijningsalgoritme kan tot 1000 datasets tegelijkertijd verwerken. Het werkelijke aantal hangt af van het beschikbare werkgeheugen en de bestandsgrootte van de individuele datasets. Voor grote aantallen samples wordt het gebruik van een 64-bit besturingssysteem sterk aanbevolen. De wetenschappelijke publicaties bevatten gedetailleerde prestatiegegevens voor verschillende datasetgroottes.
Is MetAlign geschikt voor GC-MS data?
Hoewel MetAlign primair is ontwikkeld voor LC-MS data, is de software ook inzetbaar voor GC-MS datasets. In vergelijkende evaluaties scoorde MetAlign goed op zowel LC-MS als GC-MS analyses, met hoge nauwkeurigheid bij piekdetectie en uitlijning.
Hoe verhoudt de verwerkingssnelheid zich bij versie 3.0?
Versie 3.0 maakt gebruik van multi-threading en kan daarmee meerdere processorcores benutten. In tests resulteerde dit in een snelheidsverbetering van 8 tot 19 keer voor basislijncorrectie en piekdetectie, en 5 tot 10 keer voor de uitlijningsstap, vergeleken met de vorige versie op een enkele processorkern.